Marco van Basten memulakan kariernya dengan bermain untuk pasukan tempatan, EDO semasa beliau berusia enam tahun. Setahun kemudian, beliau berpindah ke UVV Utrecht. Selepas sembilan tahun di sana, beliau berpindah dari Utrecht untuk bermain bersama kelab lain, Elinkwijk.

Ajax

Ajax menandatangani Van Basten ketika musim 1981–82. Beliau membuat debut untuk Ajax pada April 1982 dan menjaringkan gol pada perlawanan debutnya ketika menentang NEC.

Pada musim 1982–83, beliau bersaing dengan penerima anugerah penjaring tertinggi Eropah, Wim Kieft untuk merebut posisi penyerang tengah. Selepas Kieft meninggalkan Ajax untuk berpindah ke Pisa pada musim seterusnya, Van Basten menjadi penyerang utama Ajax.

Beliau menjadi penjaring terbanyak liga buat empat musim dari musim 1983–84 sehingga 1986–87 dengan menghasilkan 118 gol dalam 112 perlawanan. Pada musim 1985-86, beliau menjaringkan 37 gol dalam 26 perlawanan liga termasuklah enam gol menentang Sparta Rotterdam dan lima gol sewaktu menentang Heracles Almelo. Pada masa yang sama, beliau menerima anugerah Kasut Emas Eropah. Selain itu, beliau turut menjaringkan gol kemenangan dalam perlawanan akhir Piala Juara-Juara Eropah menentang Lokomotive Leipzig pada tahun 1987. Van Basten telah menjaringkan 128 gol dalam 133 perlawanan liga buat Ajax.[4]

Milan

Pada tahun 1987, Silvio Berlusconi membeli Van Basten dan menambah dua lagi pemain Belanda lain, Ruud Gullit dan Frank Rijkaard pada 1988. Pada musim pertamanya, Milan meraih Scudetto pertama dalam masa lapan tahun tetapi Van Basten hanya bermain sebelas perlawanan kerana sentiasa dilanda masalah kecederaan buku lali.[5]

Pada musim 1988-89, Van Basten merangkul anugerah Ballon d'Or sebagai pemain bola sepak terbaik Eropah.[6] Beliau menjaringkan 19 gol di Serie A dan menyumbat dua gol pada perlawanan akhir Piala Eropah menentang Steaua Bucureşti.[7] Pada musim seterusnya, beliau dinobatkan sebagai Capocannoniere, iaitu penjaring terbanyak Serie A. Sementara itu, Milan berjaya mempertahankan gelaran Piala Eropah selepas membenam Benfica pada perlawanan akhir.[8]

Milan bergelut pada musim 1990-91 apabila Sampdoria menjadi juara liga. Selepas Van Basten gagal menyerlah di bawah kendalian Arrigo Sacchi, Berlusconi seterusnya mengambil tindakan memecat pengurus. Fabio Capello mengambil alih jawatan pengurus pada musim berikutnya dan Milan menjadi pasukan tanpa tewas di saingan liga dan meraih satu lagi Scudetto. Van Basten menjaringkan 25 gol liga dan sekali lagi merangkul anugerah Capocannoniere.[9]

Pada November 1992, beliau menjadi pemain pertama yang menjaringkan empat gol dalam satu perlawanan Liga Juara-Juara ketika menentang IFK Göteborg. Milan meneruskan rentak tanpa kalah pada musim 1992-93 dengan 58 perlawanan tanpa kalah pada dua musim sebelum mereka tewas. Van Basten tentunya tonggak utama pasukan Milan pada era ini. Beliau diundi sekali lagi sebagai "Pemain Terbaik Eropah". Van Basten menjadi pemain ketiga selepas Johan Cruyff dan Michel Platini yang meraih anugerah itu sebanyak tiga kali.[10]

Kecederaan buku lalinya yang serius pada satu perlawanan menentang Ancona memaksanya melakukan satu pembedahan serius. Beliau kembali pada beberapa baki perlawanan sebelum musim tamat. Perlawanan akhir Liga Juara-Juara pada 1993 merupakan perlawanan terakhir Van Basten buat Milan dan perlawanan berkesudahan Milan tewas kepada Marseille.[11]

Van Basten sangat berharap agar dapat mewakili negaranya dalam kejohanan Piala Dunia 1994 dan juga beraksi untuk kelabnya pada musim 1994–95. Pihak kelab tidak membenarkan Van Basten mengambil bahagian dalam Piala Dunia kerana dibimbangi akan mengganggu proses pemulihannya daripada kecederaan buku lalinya. Beliau akhirnya tewas dalam perjuangannya untuk pulih pada 17 Ogos 1995 apabila beliau mengumumkan persaraan selepas dua tahun diketepikan.